完全性陰道縱隔沒有明顯症狀，性生活和陰道分娩無影響，不需要治療。不完全性陰道縱隔在發生性生活時困難或出現疼痛不適，分娩時可能導致受阻，需要根據情況行陰道縱隔切除術。
一、藥物治療
 陰道縱隔無藥物治療，有症狀者首選手術切除。
二、手術治療
1、手術切除適應症：陰道縱隔影響性生活或陰道分娩，兩鉗之間切除縱隔，一鉗鉗夾膀胱側，一鉗鉗夾直腸側，從陰道口到宮頸，可用吸收線進行間斷縱向縫合，以防粘連。
2、分娩時處理：當胎先露下降壓迫縱隔時，先切斷縱隔的中部，待胎兒娩出後再切除縱隔。