遷延性腹瀉與慢性腹瀉主要區別是時間，前者腹瀉時間在2周到2個月之內，後者腹瀉時間超過2個月。這兩者病因大多相同，可能是克羅恩病或者潰瘍性結腸炎或者食物不耐受、腸易激綜合徵等。克羅恩病與潰瘍性結腸炎是免疫系統疾病，表現為腹瀉黏液膿血便、有裡急後重，腸鏡可確診，用藥都是選擇免疫抑制劑及糖皮質激素。腸易激綜合徵與情緒有關，可使用益生菌及抗焦慮藥。食物不耐受者需補充相應的酶。