兩次胎停育最大的可能性是胚胎染色體異常，兩次或兩次以上胎停育診斷為複發性流產。複發性流產原因比較複雜，可能為子宮的解剖異常，包括各種子宮先天性畸形，最為常見的是子宮縱隔、子宮頸機能不全、宮腔粘連，以及黏膜下肌瘤、子宮腺肌病等。
遺傳因素，包括夫妻染色體的異常，包括染色體的異位、倒位、缺失等，還有最為常見的胚胎染色體異常。血栓前狀態比較常見的原因是凝血因子相關基因突變，比如五因子和二因子的基因突變，以及蛋白C和蛋白S的缺乏、抗磷脂綜合徵、高同型半胱氨酸血癥等。內分泌因素比較常見的原因是多囊卵巢綜合徵，合併胰島素抵抗，還有沒有控制好的糖尿病、甲狀腺疾病等。免疫因素主要包括自身免疫性和同種免疫性，比如常見的免疫性疾病，像紅斑狼瘡、抗磷脂綜合徵，還有淋巴因子異常所導致的複發性流產。