鹽酸二甲雙胍是針對多囊卵巢綜合徵伴有肥胖或有胰島素抵抗的基礎治療藥物之一，多囊卵巢綜合徵的患者很多人會伴有肥胖和胰島素抵抗，二甲雙胍可以增強胰島素的敏感性，改善胰島素抵抗的狀態。
一般適用於伴有胰島素抵抗的患者，還有飲食、運動、生活方式調整之後，仍然起效不是很明顯的患者，一般二甲雙胍可以從小劑量開始服用。二甲雙胍最常見的副作用是胃腸道反應，建議可以在餐中用藥，減輕反應，嚴重的副作用可能會有腎功能損害和乳酸酸中毒，但臨床比較罕見，需要定期複查腎功能。