先天性肥厚性幽門狹窄是一種先天性消化道疾病，所以用藥物治療是無效的，可以採用以下幾種方式治療：第一種，手術治療，手術切除是治療先天性肥厚性幽門狹窄最好最常用的方法，可以進行幽門肌切開術，副作用小，療程短，而且效果好；第二種，可以採用餵養飲食療法治療，但是療程長，而且效果並不是十分理想；第三種，可以採用支持療法。