膽道閉鎖症是一種先天性疾病，目前來講是這麼認為的。其具體的發病原因不明確，可能是基因層面控制，在胚胎的原始膽管出現空泡化的過程中障礙（也就相當於原本是一個空心的管道，結果變成實心的了），這種類型可能通常還合併有其他的畸形。或者在膽道發育過程中合併感染，出現炎症導致閉鎖。也有可能本身是合併有自身免疫性膽管炎，自身免疫功不斷的破壞膽道，也是引起炎症修復，導致膽道畸形，狹窄甚至閉鎖。