先天性膽道閉鎖的病因和發病機制極為複雜，至今未完全闡明。該病是一種多病因、多表型的嚴重疾病，不同的類型其病因也不盡相同。先天性膽道閉鎖主的發病過程中有多種觸發因素，如感染、嵌合體、基因缺陷等，再加上自身免疫失調，從而導致膽道的免疫損傷擴大化。
一、主要病因
1、先天發育異常：發育異常假說主要針對於伴有其他器官畸形的先天性膽道閉鎖，一般認為膽道病變起於妊娠5~6周，而並非肝內膽管發育期(妊娠7~10周)，胚胎細胞的分化和形態發生是器官發育的關鍵部分。
2、病毒感染：妊娠期間宮內病毒感染可導致膽管發生炎症，出現膽道纖維化，最後閉塞，常見的病毒有呼吸道病毒、鉅細胞病毒、輪狀病毒等。
3、免疫因素：患兒體內鉅細胞數量增多，自身免疫細胞攻擊膽道上皮細胞，導致肝內膽管變性。另外，患兒的免疫細胞也會攻擊發育異常的膽管上皮細胞，最終導致膽道閉鎖。
4、肝外膽道血供：由於肝外膽道血供出現問題，導致膽道損傷擴大化，膽道病變由纖維化、炎性病變最終進展為膽道閉鎖。
二、誘發因素
1、母親妊娠期解除有毒物質，會誘發新生兒先天性膽道閉鎖。
2、嬰兒免疫系統受損後容易受病毒感染，誘發新生兒先天性膽道閉鎖。
3、性別及種族因素，亞洲女嬰多見。
4、先天性膽道閉鎖多見於早產的嬰兒。