胎糞吸入綜合徵形成的原因是胎兒在宮內或產時吸入混有胎糞的羊水，造成呼吸道的機械性阻塞及肺部化學性的炎症的病理變化特徵。常見併發症包括胎糞內的膽鹽在氣道炎症刺激及繼發細菌生長導致新生兒肺炎；胎糞吸入氣道後在氣道內分佈不均造成肺不張，肺氣腫及肺氣漏；缺氧和酸中毒使肺血管阻力持續增高導致持續性肺動脈高壓。