亞急性感染性心內膜炎首先給抗菌素治療。進行血細菌培養，選擇合適的抗菌素。抗菌素要求足量足療程，一般要用4~6周，如果血培養反覆都是陰性，又高度懷疑感染性心內膜炎，可以憑經驗給予大量的青黴素和阿米卡星等藥物治療。亞急性感染性心內膜炎是指起病比較緩慢，有發熱，體重減輕，乏力等全身的不舒服症狀，也有少部分患者開始症狀就表現為栓塞，不能解釋的腦梗死，心臟瓣膜病變進行性加重，頑固性心衰等。