急性感染性心內膜炎首先要用抗生素進行抗感染治療，早期應用，足量用藥，以靜脈用藥為主。由於急性感染性心內膜炎多是由於金黃色葡萄球菌、鏈球菌和革蘭氏陰性桿菌導致的，在病原微生物不明時，可以使用針對這三種均有效的廣譜抗生素；若分離出病原微生物時，要根據致病微生物種類選擇對疾病敏感性較強的抗生素；如果內科治療不能控制，或者藥物不能控制感染時，可以考慮手術治療。