治療兒童亞急性心內膜炎的最重要的措施就是應用抗生素治療細菌性心內膜炎，根據患者的情況選擇手術治療。亞急性心內膜炎常用的抗生素有青黴素，鏈黴素，頭孢菌素等殺菌劑，它們能穿透血小板-纖維素的贅肉生物基質殺滅細菌，達到根治瓣膜的感染，減少復發的危險。治療時抑菌劑和殺菌劑可以聯合使用，而且要足療程足劑量的應用抗生素。