小兒亞急性心內膜炎首選抗生素為青黴素，其次為鏈黴素、先鋒黴素、萬古黴素等。給孩子選擇抗生素前，建議給孩子做細菌培養，選擇敏感的抗生素進行治療。給孩子使用抗生素治療時要注意劑量要大，療程要足夠，一般需要4~6周的時間，儘早的治療，治療越早效果越好。根據患兒的臨床特點以及感染的途徑，可以選擇兩種不同的抗生素進行聯合治療。