小兒急性感染性心內膜炎的病理改變是心瓣膜心內膜還有大血管內膜面，瓣膜閉鎖緣處會出現感染性的贅生物。贅生物質地鬆軟，容易脫落。脫落後容易引起身體的某些器官出現梗死或者多發性小膿腫，肝臟，腎臟，心臟，脾臟都有可能會受此影響。嚴重的情況下，也有可能會出現心臟瓣膜出現潰瘍和穿孔的病理改變，也可能有腱索斷裂，可發生急性心瓣膜關閉不全。