小兒亞急性感染性心內膜炎常見的併發症是血栓栓塞，血栓隨血液循環可以流淌到身體各個器官，栓塞堵塞血管，影響器官的正常血液供給，導致受累器官功能障礙，引發臨床症狀。常見的栓塞有腦栓塞、肺栓塞以及腎臟栓塞等。亞急性感染性心內膜炎是指病程在6周以上的感染性心內膜炎，一般在心臟原發病變的基礎上感染了毒力較弱的病原菌引起的。