小兒亞急性感染性心內膜炎常見的致病菌主要有草綠色鏈球菌感染，這種致病菌是最常見的，其次為d組溶血性鏈球菌，包括牛鏈球菌和腸鏈球菌，還有表皮葡萄球菌。這些致病菌可以感染全身各處的部位和皮膚，當身體抵抗力低時，特別是小兒身體抵抗力低，就會經血行進入心內膜，從而導致小兒亞急性感染性心內膜炎的發生。所以一旦出現身體其他部位的感染，就要積極治療，以免致病菌進入心內膜，導致小兒亞急性感染性心內膜炎的發生。