亞急性感染性心內膜炎以草綠色鏈球菌為最常見的致病菌。草綠色鏈球菌從口腔中進去血液的機會大，粘附性比較強，而大腸桿菌粘附性差，雖然它導致菌血症比較常見，但是很少導致心內膜炎。其次是D族鏈球菌（牛鏈球菌和腸球菌）、表皮葡萄球菌、其它細菌比較少見。還有真菌、立克次體和衣原體為自體瓣膜心內膜炎的少見的致病微生物。通常亞急性感染性心內膜炎多發生在有器質性心臟病的患者中。