小兒急性感染性心內膜炎抗生素治療，療程較長一般為4~6周，有嚴重併發症者療程還要更長一些，抗生素治療的原則是早期聯合用藥，通常於發病後24~48小時採血三到五次後，即可根據致病菌可能的入侵途徑選擇用藥，可以先按經驗用量給藥，三天以後再做必要的調整，抗生素劑量要足，選用敏感的殺菌藥，在具體應用時針對不同病原菌感染選用不同的抗生素。