亞急性感染性心內膜最常見的死亡原因是動脈栓塞，有贅生物引起的動脈栓塞大約佔20-40%，大部分屍檢的時候檢查出，栓塞可以發生在身體的任何部位，腦、心臟、脾、腎、腸繫膜和四肢為臨床上常見的體循環動脈栓塞位置。腦栓塞的發生率大約佔15-20%。在有左向右分流的先天性心臟病或者右心內膜炎的時候，肺栓塞常見。