感染性心內膜炎會引起心臟結構的異常改變，最常見會損害主動脈瓣及二尖瓣。當發生感染性心內膜炎時，血液中有細菌存在，並且細菌可以發生繁殖，損傷心內膜結構。而在左心繫統血流速度較快，主動脈瓣及二尖瓣受到血液的沖刷，可以引起瓣膜附著處以及瓣膜之間的損害，導致細菌停留並進行繁殖，出現伴贅生物，或者是瓣膜的嚴重關閉不全等，進一步會導致心功能的急劇下降，發生危險。