內膜炎的主要症狀是持續性發燒（可高熱）、胸悶、心悸、乏力、納差、頭暈等症狀，嚴重時可以出現端坐呼吸困難、夜間陣發性呼吸困難及下肢浮腫等心功能不全表現。心內膜炎血栓脫落容易引起栓塞，常見的表現為手掌心、足底或口腔部位的疼痛，局部可見暗紅或蒼白的皮膚改變，栓子脫落可堵塞血管致相應動脈供血區缺血壞死而出現相應症狀，如腸繫膜上動脈栓塞可以出現嚴重的腹痛、噁心嘔吐等。