亞急性心內膜炎選擇中西醫共同結合治療。西醫方面主要是選擇應用足量和足夠療程的抗菌藥物，首選青黴素類的藥物，建議靜脈輸液治療，必要時可以與鏈黴素藥物共同治療。同時可以配合中醫療法，應用清熱解毒的藥物，例如六神丸、點舌丸、黃連上清丸等。有心臟瓣膜疾病的患者，平時要注意衛生，及時清除感染病灶，避免引起這種疾病發生。