絕大部分小兒腦炎是不會傳染的，小部分腦炎會傳染。如一般細菌引起的化膿性腦膜炎不會傳染，如金黃色葡萄球菌，鏈球菌，流感嗜血桿菌引起的腦膜炎不會傳染。但是腦膜炎雙球菌引起的流行性腦膜炎具有傳染性，可以通過患者的分泌物進行呼吸道飛沫傳播，需要嚴格隔離患者。結核桿菌引起的結核性腦膜炎一般也不會傳染，不需要隔離患者。但是結核菌本身有傳染性，開放性肺結核患者可以為傳染源。如果結核性腦膜炎兒童同時具有開放性肺結核，則具有傳染性。一般病毒感染引起的腦炎也沒有傳染性。雖然流行性乙型腦炎為傳染性疾病，但傳播途徑為蚊蟲叮咬中間宿主豬後再叮咬人而傳染，不會蚊蟲叮咬人而相互傳染。也不需要隔離患者。