小兒感染性心內膜炎如果沒有引起併發症，治療難度並不大。主要是選擇足夠療程，大量的抗生素來治療，治療的時間會比較長。如果是急性的，通常需要2~6周。如果是亞急性的，時間會更長一些。如果有引起一些併發症，比如說心力衰竭，心律失常或者引起栓塞，則治療難度和風險就會大很多，臨床上住院期間發生死亡的平均概率在5%~20%。