小兒感染性心內膜炎的病程通常會比較長。如果是急性的，在積極治療的前提之下，病程一般要2~6周。如果是小兒亞急性感染性心內膜炎，病程就會比較長，有可能需要6周到6個月左右。病程的長短主要取決於治療的及時程度，有無併發症，用藥是否敏感等。大劑量使用敏感度高的抗生素靜脈滴注，要足夠療程，儘量及早治療可以縮短病程。