小兒感染性心內膜炎後，一般治療都是使用大量的抗生素治療再使用一些對症治療的藥物。如果藥物沒有效果需要及時進行手術換瓣治療。出現全身性感染、心臟瓣膜疾病、動脈栓塞等症狀後需要及時治療。當累及心臟瓣膜時，也可累及室間隔缺損處、心內壁內膜或動脈導管未關閉時，最好及時手術治療。當出現腎病和腦病時說明已經有嚴重合併症了，這時需要及時手術治療進行換瓣膜。