正常菌群不僅與人體保持平衡狀態，而且菌群之間也相互制約，以維持相對的平衡。在這種狀態下，正常菌群發揮其營養、拮抗和免疫等生理作用。正常菌群的存在影響著生物體的物質代謝與轉化，如蛋白質、碳水化合物、脂肪及維生素的合成，膽汁的代謝、膽固醇的代謝及激素轉化都有正常菌群的參與。正常菌群的抗原刺激可以使宿主產生免疫，從而減少了本身的危害。已有實驗表明，某些誘發的自身免疫過程具有抑癌作用。