小兒先天性巨結腸的手術花費大概在1~2萬左右，因為地域差異、病情輕重、醫院等級，也會導致費用有所差異。目前小兒先天性巨結腸的治療技術已基本成熟，患兒若能早期診斷、早期手術的話，術後效果還是令人滿意的。但是行手術治療最好是去正規三甲醫院專科，因為手術中醫者的技術、術前準備措施以及術後恢復所需的功能訓練，還是權威專家更能降低手術風險率。