目前在臨床上嬰兒痙攣症引起的原因及機制仍然不是很清楚，但是大部分的臨床研究認為嬰兒痙攣症與腦部損傷或者是異常有著密切的關係。當嬰兒的腦部發育異常或者是染色體病變引起腦發育障礙等以及顱內的一些感染，都有可能會引起嬰兒痙攣症的出現。此外，像腦脂質沉積症、糖代謝異常、氨基酸代謝異常、維生素缺乏等因素會引起體內的代謝紊亂，進而出現嬰兒痙攣症。另外，缺血缺氧性腦病，一些藥物中毒，都有可能會引起嬰兒痙攣症的發生。