寶寶消化不良引起的原因很多，比如說像腹部受涼或者說吃的不合適，比如說吃的食物過多、過雜引起寶寶積食，或者說寶寶有乳糖不耐受、食物蛋白不耐受，當他吃到一些特殊食物時就會出現消化不良腹瀉的情況。另外，還有一些腸道內或者腸道外的感染等等，也會引起寶寶這種消化不良。
在機體去除誘因的同時，還需要給予一些健脾助消化的治療，以及用一些藥物。比如說可以給孩子做腹部理療，可以給寶寶吃一些益生菌，調節腸道菌群，改善腸道功能。還可以給孩子吃一些健脾胃的藥物，比如說像胃蛋白酶散、醒脾養兒顆粒、啟脾丸等等，都具有健脾助消化，促進寶寶胃腸道功能的恢復。
對於如果是乳糖不耐受引起的，還需要用無糖奶粉或者應用乳糖酶，對這種牛奶蛋白過敏的寶寶可能需要特殊的這種水解奶粉來給予。比如說嚴重的需要氨基酸奶粉，以及深度水解奶粉、適度水解奶粉等一些特殊的水解奶粉給予治療。另外，一些中醫的推拿、按摩，有的時候也有利於能改善寶寶消化不良的情況。