軟骨瘤的治療主要是以手術治療為主，一般為短期治療。對於沒有症狀患者，一般不需要治療，注意觀察病情即可。對於有明顯症狀者，可進行植骨等治療，畸形時可進行截骨矯正。同時也可中西醫結合治療，也有良好治療效果。
一、藥物治療
軟骨瘤患者當出現疼痛時，可適當給予布洛芬、芬必得等止痛藥緩解疼痛。
二、手術治療
1、內生性軟骨瘤：內生軟骨瘤腫瘤分期為G0T0或G0T1M0，在指骨可用刮除植骨治療。在骨盆或長骨的腫瘤，單純刮除容易復發，可用瘤腔滅活措施減少復發。也可結合病史、腫瘤的部位和範圍、影像學提示的性質，考慮整塊切除。如有惡變表現，應活檢明確腫瘤性質，惡變者按惡性腫瘤處理。
2、骨膜軟骨瘤：外科分期屬G0T0M0，一般不需治療。若腫瘤生長過快，有疼痛或影響關節活動功能者、影響鄰骨或發生關節畸形者，壓迫神經、血管以及腫瘤自身發生骨折時，腫瘤表面滑囊反覆感染者，或病變活躍有惡變可能者應行切除術。切除應從腫瘤基底四周部分正常骨組織開始，包括纖維膜或滑囊、軟骨帽等，以免復發。
3、Ollier病：治療較為困難，可定期觀察，對病理骨折、可疑惡性變、畸形影響功能活動者需要考慮手術。可作病灶刮除加植骨，骨折可作內固定，明顯畸形可作矯形，惡性變者，按惡性骨腫瘤原則處理。
4、Maffucci綜合徵：治療較為困難，腫瘤巨大、嚴重畸形影響肢體功能採取腫瘤切除、矯正畸形的手術，惡性變應按惡性腫瘤治療原則處理，根據部位和範圍，選擇大塊切除或截肢。