扁桃體發炎分為急性扁桃體炎和慢性扁桃體炎，急性扁桃體炎根據病因有分為細菌感染導致的、病毒感染導致的，還有理化因素的刺激引起的。理化因素刺激引起的急性扁桃體炎，在病因去除之後症狀就會明顯緩解，可以結合霧化吸入的治療。
對於細菌感染引起的急性扁桃體炎，以球菌類的感染為主，鏈球菌更常見，可以用青黴素類的消炎藥口服或者靜脈輸液。
病毒感染引起的扁桃體炎，如果症狀嚴重需要抗病毒的藥物治療，同時結合霧化吸入治療。
慢性扁桃體炎患者如果反覆發作，一年3次以上的急性扁桃體發炎或者引起相應的併發症，比如牛皮癬、凝血病、風溼性關節炎、腎小球腎炎、風溼性心肌炎、心瓣膜炎等等是需要儘早手術治療的。