扁桃體化膿是因為一些細菌或者病原微生物引起扁桃體的急性化膿性的症狀，一般起病比較急，進展也很快，容易反覆發作。在感染源中最常見的是鏈球菌感染，鏈球菌敏感的藥物是青黴素和頭孢類，所以在扁桃體化膿如果是鏈球菌感染的情況下可以選擇青黴素和頭孢類的藥物使用。當然並不是所有的化膿都是因為鏈球菌感染，也有的時候會有支原體感染，這個時候大環內酯類的藥物相對就會比較敏感。
還要根據感染的程度，因為扁桃體化膿除了本身扁桃體出現發熱和咽痛的症狀以外，也有些人會引發全身的症狀，像引起全身性的心肌損傷或者腎臟的損傷，還有些可能引起風溼熱，這個時候用藥就需要進行更準確，更積極，療程更長，用藥就不是單純口服用藥，就需要靜脈用藥。根據孩子的病情的程度使用的時間和使用的藥物程度都會有很大的差異性，所以並不是所有的化膿性扁桃體炎都使用同一種藥物，要根據病情具體分析，具體進行判斷。