關於唇顎裂發病病因有很多，其中部分患者可能是遺傳因素造成的，家族中有唇顎裂的病人，可能有致病基因；另外孕婦在懷孕期間所受不良影響可能會直接造成胎兒發育畸形，例如不合理使用藥物、吸菸喝酒、環境汙染、化學刺激性氣體的吸入、被動吸菸等等。所以懷孕期間孕婦嚴格注意在一定程度上減小發生該病可能性。