鵝口瘡的最佳治療辦法就是用制黴菌素藥片磨成粉以後，用棉籤蘸著5%的碳酸氫鈉漱口液塗在口腔裡，一天數次，這是目前最便宜，也是最有效的治療辦法。
還需要在這個過程中停用抗生素，餵奶的時候對奶瓶或者乳頭做比較好的消毒。一般通過制黴菌素的藥片，加上5%的碳酸氫鈉漱口液，用一段時間後，鵝口瘡可以得到根治。有的時候也會有反覆，用這個辦法再處理幾天一般就可以。