沙眼性結膜炎最有效的治療是利福平眼藥水，但是目前市場上利福平眼藥水已經不多見了。除此之外，也可以使用沙星類的眼藥水，因為沙星類屬於廣譜抗生素，可以治療很多細菌導致的感染，睡前需要加用一次氧氟沙星類的眼藥膏，作用時間長、作用效果會更好。
但是，目前為止沙眼性的結膜炎已經比較少見，大部分的結膜炎並不是由於沙眼衣原體感染引起。所以要想診斷是不是沙眼性結膜炎，需要去醫院進行特殊類型的檢查才能診斷，如果只是得普通的結膜炎，不一定是沙眼性結膜炎，不能在家裡面任意上藥。