沙眼衣原體DNA陽性並不是正常現象，這種結果顯示人體有沙眼衣原體的感染。沙眼衣原體感染人體後，除了可以導致沙眼及包涵體性結膜炎外，還可引起泌尿生殖道感染、性病淋巴肉芽腫等。尤其是女性感染沙眼衣原體後，在分娩時可經產道將衣原體傳播給胎兒，導致胎兒出現結膜炎和肺炎等。所以如果發現有沙眼衣原體DNA陽性的情況，必需及時進行治療（同時也要治療性伴侶），可選擇的藥物有阿奇黴素、強力黴素、紅黴素鹼、氧氟沙星等。