沙眼的治療包括全身和眼局部藥物治療以及對併發症的治療。眼局部治療可用1%四環素眼膏，每日二次，左氧氟沙星滴眼液，每日4次，嚴重病例同時口服阿奇黴素1g，每日一次，療程8周。手術矯正倒睫及瞼內翻，是防止晚期沙眼導致失明的關鍵措施。沙眼是一種持續時間長的慢性疾病，相應治療和改善衛生環境後，症狀可緩解或減輕，在流行地區，再度感染常見，需要重複治療。