沙眼衣原體的治療可以分為兩種：局部用藥和系統用藥，局部用藥常用的眼藥水有：10%到15%的磺胺醋酰鈉，0.25%的氯黴素，0.1%的利福平，0.5%的紅黴素，眼膏劑主要是四環素族的各種眼膏，每日點4-6次，睡前塗眼膏於下穹隆部結膜囊內，連續用2-3個月。對於系統用藥有：四環素，紅黴素，利福平，磺胺類製劑。另外的，當沙眼衣原體出現嚴重併發症時，還可以採取手術治療。