視神經萎縮原因較多，幾乎所有的視神經疾病和部分網膜疾病後期都可以導致視神經萎縮。例如視神經炎，缺血性視神經病變即使積極治療，多數後期會存在視神經萎縮，還有原發性青光眼，長期眼壓控制不良，壓迫視神經，微循環障礙，視神經軸漿傳輸受限，可以導致視神經缺血缺氧而凋亡，出現視神經萎縮，杯盤比增大，視杯深等。還有原發性視網膜色素變性後期也會出現視神經萎縮，顏色蠟黃。