細菌性角膜炎的發病原因主要是兩點，這兩點同時發生，缺一不可，一方面是細菌感染，另一方面是角膜上皮細胞的不完整，也就是黑眼仁表面的屏障發生了損傷，同時合併細菌的感染，就會導致細菌性角膜炎，說明如下：
1、揉眼：是最不好的習慣，手上有很多的細菌，眼睛的表面也有非常多的細菌，比如葡萄球菌，甚至有綠膿桿菌。但是手上的細菌要遠遠多於眼睛表面的細菌，如果揉眼睛就會造成眼睛表面小的創傷、小的傷口，如果再有細菌就很容易得細菌性角膜炎；
2、工人不戴防護鏡：修車鋪的工人在修車的時候，鐵屑、異物飛濺，快速、高速的運動、移動到眼睛表面，把黑眼仁表面也就是角膜表面打出小的傷口，角膜表面的異物最容易導致細菌性角膜炎。
另外，需要注意的是細菌性角膜炎和細菌性結膜炎截然不同。結膜指的是眼白的部位，而角膜指的是眼睛正中央黑眼仁的部位，雖然角膜完全透明，表現的黑顏色只是透見了眼睛裡色素膜的顏色。