由於肥厚型心肌病可以可能導致猝死等情況的發生，所以一經診斷即應該積極治療。藥物治療是基礎，肥厚型心肌病的治療主要有減少左心室流出道梗阻的β受體阻斷劑等藥物。另外，本病的後期可能會出現房顫，早期可能有陣發性房顫，晚期發持續性房顫出現。持續性房顫時，可能會形成心動過速，嚴重者可能會導致猝死，這時就需要用β受體阻斷劑，減緩心室率，防止不良事件發生。另外，由於持續性房顫，血液在心房內形成渦流，有可能會形成血栓，血栓形成以後可能會形成脫落，栓塞等併發症。所以肥厚性心肌病，如果有房顫存在，需要抗凝，防止血栓形成併發症。