對於肥厚性心肌病來說，大多數的患者可以通過心臟彩超，症狀，體徵明確診斷，但是MR對於肥厚性心肌病也具有重要的診斷價值。肥厚型心肌病的MR特徵為：可以顯示心室壁和室間隔的侷限性或普遍性增厚，同位素掃描可見室間隔與右心室遊離壁連接處心肌呈片狀強化。在梗阻性肥厚型心肌病的患者的MR檢查中，可見左心室流出道狹窄、SAM徵、二尖瓣關閉不全等情況，所以MR檢查也是包括肥厚型心肌病在內的多種心肌病的診斷方法之一。