酒精消融是肥厚心肌病的主要治療手段之一。其療效比較確切，但是也會出現一些不容易預測的併發症。主要包括：一、大面積心肌梗死導致心衰和室壁瘤形成；二、室間隔大面積壞死可萌導致心臟穿孔；三、心臟傳導束受累，導致患者出現心臟驟停或者房室傳導阻滯，而需要植入心臟起搏器；四、因為側支循環的建立，導致壞死的心肌細胞再次增厚，從而出現疾病復發。