自身免疫性腦炎一般來說都是侵犯邊緣系統，有著邊緣系統受損的表現，比如侵犯顳葉、海馬、杏仁核部位，導致注意力不集中、記憶力急劇下降、反應遲鈍。另外由於腦葉的受損、皮層的受損，患者可以出現精神症狀，出現幻覺，可以出現妄想、癲癇發作。
自身免疫性腦炎又由於是炎症性的表現，患者也可以出現發燒現象。如果人突然間出現記憶力的急劇損傷、認知功能下降、精神症狀、煩躁、不合作，或者出現發燒、癲癇發作情況，都需要考慮有沒有自身免疫性腦炎的可能。