自身免疫性腦炎的總體預後相對良好，80%左右的抗NMDA受體腦炎患者功能恢復良好。早期接受免疫治療和非重症的患者預後較好，重症的抗NMDA受體腦炎，平均的重症監護治療週期為1-2個月，病死率大約在2%-9%左右。少數患者完全康復需要兩年以上，相關腦炎患者的病死率為6%左右。抗GABA-B受體腦炎合併肺癌患者預後相對較差，部分自身免疫性腦炎患者恢可出現症狀的復發。自身免疫性腦炎的治療一般需要給予糖皮質激素、丙種球蛋白或者血漿置換，以及利妥昔單抗、靜脈注射環磷酰胺、口服嗎替麥考酚酯和硫唑嘌呤等，還包括對原發腫瘤的治療。