大部分腦炎能徹底治好，病毒性腦炎，最常見的是由單純皰疹病毒感染，引起的出血壞死性腦炎。急性期積極給予對應的抗病毒藥，如更昔洛韋、阿昔洛韋治療14-21天，患者能徹底治癒。如果是結核性腦炎或腦膜炎，抗結核需要進行三聯到四聯的聯合應用抗結核藥物，治療的療程至少6-9個月，甚至一年的時間。
如果是自身免疫性腦炎，需要應用激素衝擊治療、丙種球蛋白治療，後期激素要改成口服長期維持，必要時應用免疫抑制劑，治療的療程至少要半年以上，個別人需要達到用藥一年。大部分腦炎能徹底治癒，少數的腦炎治好之後會有一定的後遺症，比如重症病毒性腦炎遺留有癲癇的後遺症，還有自身免疫性腦炎遺留有智力減退，以及運動障礙等後遺症，結核性腦炎或腦膜炎可以遺留有頭痛的後遺症等。