結腸炎分為急性結腸炎和慢性結腸炎，急性結腸炎又分為急性感染性結腸炎、急性缺血性結腸炎等，不同的病因，其治療方案也不一樣。以急性感染性結腸炎為例，主要是對症支持治療及針對病原體的治療。慢性結腸炎指潰瘍性的結腸炎，以反覆發作的腹瀉、黏液膿血便及腹痛為主要的臨床症狀，起病多為亞急性，少數為急性起病，少數症狀持續並逐漸加重，病情的輕重與病變範圍、臨床分型及病期等相關。在治療上主要是根據病情的輕、中、重度進行劃分，在5-氨基水楊酸激素及免疫抑制劑之間進行選擇。