病毒性腦炎大多數可完全恢復，無後遺症。不良的預後與病變嚴重程度、病毒種類（如單純皰疹病毒感染預後差）、患兒年齡（小於2歲幼兒）相關。臨床病情重，全腦瀰漫性病變者、腦部存在出血壞死等情況，預後較差，往往遺留驚厥、抽搐、意識障礙，智力、運動、心理行為、視力或聽力殘疾，多汗、流涎等自主神經功能失調，偏癱甚至全身癱瘓等症狀。