結腸炎的治療主要是口服藥物和保留灌腸兩種方式治療，常見口服藥物為諾氟沙星、左氧氟沙星、黃連素、腸道益生菌、健脾益腸丸等，治療週期在4-6周左右，如口服藥物治療不理想可改為保留灌腸治療，常用藥物為蒙脫石散、錫類散、地塞米松、糜蛋白酶、硫酸慶大黴素、中藥湯劑等。以14天為一週期，治療週期後暫停一週後再行第二週期治療，一般2-3個療程即可。