潰瘍性結腸炎灌腸可以用黃芪、黃柏、黃連、黃芩、小薊、川芎、百草，灌入之後保持10分鐘，總時間建議40-60分鐘，這是中藥灌腸。
中藥灌腸效果比其他用藥方式要好，能使藥物直達病灶，提高腸內局部血藥的濃度，同時由於大腸的吸收能力很強，藥物經灌腸後可混合於直腸腺體的分泌液中，透過黏膜後經直腸上、中、下靜脈和直淋巴系統而被吸收，可以使藥物利用度得到充分發揮，所以是治療潰瘍性結腸炎不錯的方法。另外，治療潰瘍性結腸炎的西藥灌腸，可以加入甲硝唑或者奧硝唑。